기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 설립은 비교적 어렵지 않게 설립과 유지가 가능하며, 혜택 또한 적지 않게 주어지기 때문에 중소기업에서 기업 절세에 많이 활용하고 있다. 기업부설연구소에 대해 잘 모르는 CEO는 대기업 또는 중견기업에서나 설립하고 혜택을 받는 것으로 오해하는데, 보통 중소기업이나 소기업에서 오히려 많이 활용하고 있으며 개인사업자도 설립하여 혜택을 받을 수 있다. 그리고 제조업 외에도 병원과 같은 지식기반서비스 등 여러 업종에서 설립이 가능하다. 

※ 기업부설연구소 설립 제외 기관 
- 영리를 목적으로 하지 않는 비영리 기관 
- 「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학, 직업훈련기관
- 「산업기술연구조합육성법」에 의한 산업기술연구조합 
- 은행법 등에 의한 각종 금융기관 등 

기업부설연구소를 설립하기 위해서는 인적 요건과 물적 요건을 갖춘 상태에서 신고가 가능한데, 인적 요건으로는 중견기업은 7명 이상, 중기업은 5명, 소기업은 3명(창업일로부터 3년 까지는 2명), 창업 중소기업 및 벤처기업의 경우 2명 이상의 연구원이 필요하다.

단 기업부설연구소/전담부서에 근무하는 연구원 외에 다른 부서가 반드시 있어야 하고, 해당 부서에 적어도 1인 이상의 상시종업원(대표이사 제외)이 근무하고 있어야 한다.
ex) 연구원만 있고, 타 업무(제조, 관리 등)는 모두 대표이사가 수행 -> 연구소, 전담부서 인정 불가 
※ 연구전담요원 및 상시종업원은 4대 보험 가입자에 한함

물적 요건으로는 독립공간 또는 분리구역이 필요한데, 면적은 객관적으로 연구원이 관련분야의 연구개발을 수행하는 데 적절한 크기로 확보되어야 한다. 이렇게 기업부설연구소 요건을 갖춘 상태에서 설립 후 한국산업기술진흥협회로부터 인정받게 되면 조세지원, 과세지원 병역특례 등의 혜택을 받을 수 있다. 

※ 기업부설연구소(연구개발전담부서) 혜택 요약 
- 연구 및 인력개발비 세액공제 
- 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 
- 기업부설연구소용 부동산에 대한 지방세 감면(연구개발전담부서 제외)
- 학술연구용품에 대한 관세감면 
- 국가연구개발사업 자금지원 
- 전문연구요원제도 병역특례(연구개발전담부서 제외) 

기업부설연구소는 설립 후 4년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 부동산 등을 다른 용도로 사용할 경우 면제된 세금이 추징될 수 있고, 실적보고 의무에 따라 매년 4월 말까지 연구개발 활동조사표를 제출, 최초 신청 시와 변경된 사항(인력, 물적 등)이 있으면 변경 신청을 해야 하는 등 사후관리 요건들이 있다. 

따라서 기업부설연구소를 설립하기 전 꼭 전문가의 자문과 사후 관리를 받아 혜택을 극대화하고 혹시 모를 불이익에 대비하는 것이 필요하다. 

'전자신문 기업성장 지원센터'에서는 기업부설연구소 설립을 통한 절세방안에 대하여 전문가가 지원을 해주는 서비스를 제공하고 있다. 임원퇴직금 중간정산, 가지급금, 명의신탁주식(차명주식), 특허(직무발명보상제도), 기업부설연구소, 법인 정관, 기업신용평가, 기업인증(벤처기업, ISO, 이노비즈 등), 개인사업자 법인전환, 신규 법인설립, 상속, 증여, 가업승계, 기업가정신, 기업 및 병의원 브랜딩(CI&BI, 각종 디자인), 홈페이지 제작 등에 대한 법인 컨설팅도 진행하고 있다. 또한, 고용노동부 환급과정인 스마트러닝 및 온라인 교육, 오프라인 교육 서비스를 제공하고 있다. 

 

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