정부에서는 중소기업의 연구 및 인력개발을 지원하기 위해서 몇 가지 제도를 두고 있는데 그 중 대표적인 것이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제이다. 2018년 12월 31일까지 신성장동력 연구개발비, 원천기술 연구개발비, 일반 연구•인력개발비가 있는 내국인을 지원대상으로 하며 모든 업종이 적용 가능하다. 

연구•인력개발비로 인정되는 비용은 조세특례제한법시행령 별표6, 별표7, 별표8에 나열된 비용으로서 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육•훈련 시키는 활동을 말한다. 신성장동력 연구개발비, 원천기술 연구개발비, 일반 연구•인력개발비가 있는 경우 다음에 해당하는 금액을 합하여 법인세에서 세액공제한다. 

일반 연구•인력개발비는 당해 과세연도의 일반 연구•인력개발비의 25%와 당해 과세연도 일반 연구•인력개발비와 직전 과세연도 일반 연구•인력개발비의 차액의 50% 중 큰 금액을 법인세에서 세액공제한다. 

다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반 연구•인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도의 일반 연구•인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반 연구•인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 당해 과세연도의 일반 연구•인력개발비의 25%을 법인세에서 세액공제한다. 이외 신성장동력 연구개발비는 신성장동력 연구개발비의 30%를, 원천기술 연구개발비는 원천기술 연구개발비의 30%를 법인세에서 세액공제한다. 

연구•인력개발비에 대한 세액공제 적용 시 유의할 점은 다른 세액공제 및 세액감면과 중복공제 가능하고 농어촌특별세가 비과세 되고 수도권 안에서 창업한 경우에도 공제 가능하며 미공제세액은 5년간 이월공제까지 가능하다. 단, 연구개발비 중 연구관리 직원에 관한 인건비는 제외된다는 점에 주의하여야 한다. 

신성장동력 연구개발비와 원천기술 연구개발비에 대한 세액공제를 적용 받기 위해서는 신성장동력 연구개발비, 원천기술 연구개발비 및 일반 연구•인력개발비를 각각 별도의 회계처리로 구분경리하여야 하는데 구분경리란 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 자산과 부채 및 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것을 뜻한다.

이는 세법상 특정사업소득에 대하여만 납세의무를 부여하거나 특정사업소득에 대하여만 조세감면혜택을 부여하는 경우에 해당 사업소득과 기타 사업소득을 구분하여 경리하는 것을 말하는 것으로 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 대한 세액공제를 적용 받기 위해서는 일반 연구•인력개발비와의 구분경리에 신경을 써야 할 것이다.

연구•인력개발비 세액공제에 대해서 요즘 국세청의 사후검증이 활발히 진행중인데 연구•인력개발비 세액공제 적정여부와 관련하여 연구요원 관련 급여 지급대장, 재료비 등 지출내역 및 조직도, 연구개발 활동실적(참여 연구원, 단계별 진행과정, 산출물 등), 한국산업기술진흥협회에 제출한 연구개발 활동조사표 등을 소명하도록 하고 있고 만일 이를 소명하지 못하면 세액공제 받은 법인세를 부인당함은 물론 가산세까지 추징당할 수 있어 각별히 주의하여야 한다. 또한 연구원 중 지분 10% 초과자와 주주인 임직원 중 지배주주와 특수관계에 있는 연구원은 세액공제 대상에서 제외하여야 함에 주의하여야 한다. 

'전자신문 기업성장 지원센터'에서는 기업의 연구 및 인력개발 지원플랜에 대하여 전문가가 지원을 해주는 서비스를 제공하고 있다. 임원퇴직금 중간정산, 가지급금, 명의신탁주식(차명주식), 특허(직무발명보상제도), 기업부설연구소, 법인 정관, 기업신용평가, 기업인증(벤처기업, ISO, 이노비즈 등), 개인사업자 법인전환, 신규 법인설립, 상속, 증여, 가업승계, 기업가정신, 기업 및 병의원 브랜딩(CI&BI, 각종 디자인), 홈페이지 제작 등에 대한 법인 컨설팅도 진행하고 있다. 또한, 고용노동부 환급과정인 스마트러닝 및 온라인 교육, 오프라인 교육 서비스를 제공하고 있다. 

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