한국에서 기업을 운영하려면 경영활동을 통해 발생하는 소득에 대한 법인세 납부 의무를 다해야 합니다. 특별한 경우가 아니라면 매년 3월, 6월, 9월, 12월 말부터 25일 내에 부가세 신고와 세금 납부를 마쳐야 하고 법인세는 납부기한 내에 반드시 신고해야 합니다. 물론 필요서류를 빠짐없이 준비하는 것도 잊지 않아야 합니다. 그러나 요즘과 같은 시기에는 법인세를 납부하는 것 자체가 심각한 현금 유출로 기업 운영이 힘들 수 있기에 법인세를 절감하는 방법이 절실한 때입니다.

법인세를 절감하기 위해서는 법인세법과 조세특례제한법 상의 세액감면과 공제를 활용하는 것이 바람직합니다. 대표적인 제도로 직무발명 보상 제도와 기업부설 연구소 설립을 활용할 수 있는데, 기업부설 연구소를 설립하면 연구 및 인력개발비에 대한 소득세, 법인세를 기업 규모에 따라 수백만 원에서 수천만 원까지 공제받을 수 있습니다.
 
더 자세히 살펴보자면 일반 연구와 인력개발비에 대한 세액공제, 연구 및 인력개발 설비투자 세액공제, 연구 활동비 소득세 비과세 혜택, 연구개발에 필요한 수입물품 발생 시 관세 80% 감면, 기업부설연구소 용도의 부동산 지방세 감면, 신성장동력 산업 및 원천기술 세액공제, 미취업 청년 고용 시 연간 인건비 50% 지원, 정부 주도 개발사업 참여 시 가산점 부과, 기업 대외 신뢰도 상승 등의 혜택을 지원받게 됩니다. 또한 중소기업이나 중견기업의 우수한 기업부설연구소를 ATC로 지정해 총 사업비의 50% 이내의 범위에서 센터 당 최대 5억 원까지 지원받을 수 있으므로 반드시 기업부설연구소 설립을 검토해봐야 합니다.

과학기술정보통신부가 주관하는 우수기업 연구소 지정 제도는 기술 혁신의 경쟁력과 질적 성장 견인의 잠재력을 평가해 R&D 역량이 우수한 기업 연구소를 지정해 지원하는 제도입니다. 이는 과학기술 및 서비스 분야를 주 업종으로 3년 이상 기업부설연구소를 운영한 중소 및 중견기업 가운데 연구개발 역량이 뛰어나고 기술사업화를 통해 지속적인 가치를 창출하거나 잠재력이 높은 연구소를 대상으로 진행되고 있습니다.
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기업부설연구소로 인정받기 위해서는 소정의 연구 전담인력과 독립된 연구 공간 및 연구시설 등의 인정 요건을 갖춰야 합니다. 즉 기업 규모에 따라 최소 2명에서 10명 이상의 인원을 배치하고 다른 부서와 분리되어 별도의 출입문을 지닌 독립공간을 확보하는 것을 원칙으로 합니다. 연구기자재는 연구개발 용도로만 사용해야 하며 연구 공간 내에 위치해야 합니다. 이후 구비서류를 작성해 신고하면 심사를 통해 인증서를 발급받을 수 있습니다.
 
기업부설연구소는 비교적 간단한 절차로 설립 가능하며, 정부는 과학기술 및 지식서비스 분야의 연구개발 활동을 촉진하는 방안과 지원을 지속적으로 확대할 예정에 있습니다.

그러나 주의할 점은 기업부설연구소 설립 후 꾸준한 연구개발을 통해 기술을 개발하고 상업화시키는 사후 관리가 반드시 필요합니다. 한국산업기술진흥협회는 정기적으로 사후관리를 하고 있으며, 조세지원과 자금 지원 등 혜택을 받기 위해서만 기업부설연구소를 활용했다면 인정이 취소될 수 있습니다.

따라서 연구원의 이직, 직원 현황, 본점의 여부, 대표자 및 상호의 변경, 업종 변경, 매출액 및 자본금의 변동, 연구소 공간 면적의 변경, 연구분야의 변화 등 설립요건 변경 시 한국산업기술진흥협회에 신고해야 합니다. 그렇지 않으면 인정이 취소되어 정부의 다양한 지원과 혜택이 사라지고 기업 신용도 평가가 하향 조정돼 자금 운용에도 어려움이 따르게 됩니다.

이처럼 정부는 4차 산업혁명 시대를 맞아 가속화된 기술 흐름에 맞추기 위해 기업 내 독립된 연구조직 육성에 주력하고 있지만 중소기업은 자본과 인재 확보에 어려움을 겪고 있습니다. 또한 독립적인 연구 개발 환경을 조성할 여력이 되지 않는 상황이기에 반드시 기업부설연구소를 설립하여 기술경쟁력을 갖추는 것이 좋습니다. 하지만 설립부터 사후관리까지 까다로운 요건이 있기 때문에 전문가의 도움을 받아 기업에 맞는 방향성을 찾는 것이 좋습니다.

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