기업부설 연구소 설립 제도는 기업 내 독립된 연구개발 전담 조직을 신고 및 인정함으로써 연구개발 활동에 따른 다양한 지원 혜택을 부여하는 제도이다. 1981년 도입된 이후 2023년 8월 중소기업 기준 연구개발 전담 부서 3만 4천여 개, 기업부설 연구소 4만 2천여 개 등이 운영 중이다.

연구소 설립 인정을 받게 되면, 기업이 연구개발 또는 인력개발을 위해 사용한 비용에 대한 법인세가 일정 비율만큼 공제된다. 그뿐만 아니라 세액공제 적용 범위가 넓기 때문에 법인세 절감에 큰 도움이 된다.

또 연구소용으로 취득한 부동산에 대한 취득세 및 재산세 감면, 연구개발 출연금에 대한 과세특례, 수입 물품에 대한 관세 감면 등 다양한 조세 혜택이 제공된다. 미취업 청년을 고용하는 경우에는 인건비의 절반을 최대 1년까지 지원받을 수 있고, 연구원의 부재를 방지하는 병역 혜택도 주어진다.

국가 연구개발 사업의 참여 지원, 기술신용보증 특례제도 자금 지원, 중소기업 판정 시 특별 조치 등 정부 지원을 적극적으로 활용할 수 있다는 것도 효과적이다. 아울러 창업 후 3년 이내에 벤처기업 인증을 받게 될 경우 5년 동안 법인세 50%를 감면받을 수 있다.

기업부설 연구소 및 연구개발 전담 부서의 설립 주체는 법인사업자, 개인사업자로서 영리 목적으로 운영하는 기관을 대상으로 한다. 기업부설 연구소 등은 기업 내에서 연구개발 활동만을 전담하는 조직임으로 연구개발 이외의 사업활동(영업, 생산, 관리)에 최소한 필요한 인력, 시설 등을 보유해야 한다.

기업부설 연구소와 연구개발 전담 부서 설립 요건은 인적 요건과 물적 요건으로 구분된다. 설립 신고 전에 연구 전담 요원 자격 요건 및 연구 공간, 연구 기자재 등에 대한 전반적인 체크가 필요하다. 기업부설 연구소와 연구개발 전담 부서는 연구 전담 요원 수에 따라 구분되며, 연구개발 전담 부서로 인정받기 위해서는 1명 이상의 연구 전 담요원이 있으면 가능하다.

기업부설 연구소 및 연구개발 전담 부서를 신청하고자 하는 기업은 신청서, 연구개발 활동 개요서, 연구개발 인력 현황, 연구 기자재 현황 등을 온라인 신고 관리시스템을 통하여 작성하고, 조직도, 회사도면, 기업부설 연구소 도면, 연구소 현판 사진, 연구소 내부 사진 등을 첨부하여 제출해야 한다. 연구소 직원이 10명 이상인 경우에는 연구소 안전관리 현황 관련 추가 서류를 제출해야 한다.

한국산업기술진흥협회 현지실사팀은 기업부설 연구소의 연구개발 활동 수행 여부 및 설립 요건에 부합하는지 현지 확인을 상시로 실시하고 있다. 따라서 대표자 또는 상호가 변경될 경우, 업종에 변화나 매출액 또는 자본금에 변화가 있을 경우, 본점이 기업부설 연구소 설립 당시와 달라졌을 경우, 자본금에 변화가 있는 경우, 연구 분야가 변경될 경우, 기업부설 연구소 공간 면적이 달라졌을 경우, 연구원의 이직 등이 포함된 직원 현황이 변경될 경우 등의 상황에 따라 직권 취소가 되고, 국세청에 통보되어 세액공제 받은 금액에 대하여 추징받을 수 있다.

아울러 기업부설 연구소 사후 관리의 하나로 연구개발 활동 조사표를 작성하여 매년 4월 중에 제출하여야 한다. 온라인시스템으로 작성하여 제출하게 되며, 미제출 시 직권 취소 또는 기타 불이익을 받을 수 있다.
 

따라서 기업부설 연구소, 연구개발 전담 부서를 운영하는 기업에서는 신규 설립 또는 최근 변경 사항에 맞도록 인정 요건을 갖추어 사후 운영관리를 해야 하며, 변경 사항이 발생된 경우에는 14일 이내에 변경 신고를 하여 추후에 불이익을 받지 않도록 한다. 허위 또는 부정한 방법으로 신고한 경우에도 1년 동안 신규 설립이 불가능한 것 등 고려해야 할 사항이 많으므로 연구소 설립부터 사후관리까지 전문가의 도움을 받는 것이 좋다.

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