중소기업의 기술경쟁력 강화를 위한 핵심 제도로 기업부설 연구소가 주목받고 있다. 2024년까지 중소기업의 연구개발 전담 부서는 3만 개 이상, 기업부설 연구소는 4만 개 이상이 운영되며 연구개발 활성화의 중추적 역할을 담당하고 있다.

기업부설 연구소는 기업 내 독립된 연구개발 전담 조직을 설립하고 인정받는 제도로, 다양한 정부 지원 혜택이 제공된다. 연구개발 비용에 대한 법인세 공제, 연구소용 부동산 취득세 및 재산세 감면, 연구개발 출연금 과세특례, 수입 물품 관세 감면 등 폭넓은 세제 혜택을 받을 수 있다.

인력 지원 혜택도 강화되어 있다. 미취업 청년 고용 시 최대 1년간 인건비의 50%를 지원받을 수 있으며, 병역특례를 통한 우수 연구 인력 확보도 가능하다. 더불어 국가 연구개발 사업 참여, 기술신용보증 특례, 중소기업 판정 특별 조치 등 다양한 정부 지원을 활용할 수 있다.

생명공학 연구업체 K사는 기업부설 연구소 설립 후 청년 연구 인력 채용 지원과 관세 감면을 통해 초기 운영 비용을 크게 절감했다. 또한 국책과제 수주로 안정적인 연구개발 자금을 확보하여 신약 개발 분야에서 주목할 만한 성과를 거두었다.

그러나 기업부설 연구소 운영을 위해서는 까다로운 설립 요건과 관리 규정을 준수해야 한다. 설립 주체는 영리 목적의 법인 또는 개인사업자여야 하며, 연구개발 활동을 전담하는 독립 조직으로써 필요한 인력과 시설을 갖춰야 한다.

설립 신청 시에는 연구개발 활동 개요서, 인력 현황, 기자재 현황 등 상세한 서류를 제출해야 하며, 현장 실사를 통해 실제 연구개발 수행 여부와 설립 요건 충족 여부를 검증받게 된다. 특히 중요한 것은 사후 관리다. 대표자나 상호 변경, 업종 변화, 매출액 변동, 연구 분야 변경, 연구 공간 변경, 연구원 이직 등의 변동 상황이 발생하면 14일 이내에 신고해야 한다. 미신고 시 직권 취소되어 받은 세액공제가 추징될 수 있다.

IT솔루션 기업 S사는 연구원 변경사항 미신고로 인해 기업부설 연구소 자격이 취소되어 받았던 세제 혜택을 반환해야 했다. 반면 정밀기계 제조업체 P사는 체계적인 사후관리를 통해 5년간 안정적으로 연구소를 운영하며 신제품 개발에 성공했다.

매년 4월에는 연구개발 활동 조사표를 제출해야 하며, 허위나 부정한 방법으로 신고한 경우 1년간 신규 설립이 제한된다. 이처럼 엄격한 관리 요건으로 인해 많은 중소기업들이 설립부터 운영까지 어려움을 겪고 있다.
 

기업부설 연구소는 중소기업의 기술혁신과 성장을 위한 필수요소로 자리 잡았다. 다만 복잡한 설립 요건과 까다로운 운영관리가 요구되는 만큼, 체계적인 준비와 철저한 사후 관리가 성공적인 운영의 핵심이 될 것이다. 그러므로 연구소 설립부터 사후관리까지 전문가의 도움을 받는 것이 좋다.

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